感染性口内炎は通常、不適切な温度や湿度、過密、内部または外部寄生虫、外傷、栄養不良( ビタミン欠乏症や不適切なカルシウム/リン濃度)などが発生要因になります。これらは爬虫類の免疫系を低下し、感染症に罹りやすくさせます(日和見感染)〔Deczm et al.2008〕。あるいは僅かな外傷や異物がきっかけで発生します〔Czirják et al.2015〕。感染は、細菌、ウイルス、真菌などがあげられますが、免疫低下が発生に大きく関与します。したがって、口腔内の感染だけの問題でなく、全身感染症あるいは内臓疾患などで免疫低下が起こり、炎症が発生したというケースも少なくはないです。
真菌はカンジダ(Candida albicans)が主な原因になりますが、ヘビではSporothrix schenckii、Pestalotia pezizoides、Geotrichum candidum(Galactomyces geotrichum)、およびPaecilomyces sp.による口内炎の報告もあります〔Cheatwood et al.2003〕。
カメのウイルス性口内炎は、主にヘルペスウイルス〔Marschang et al.1997,Origgi et al.2004〕で、まれにラナウイルス〔Johnson et al.2008〕やアデノウイルス〔Garcia-Morante et al.2016〕でも発生します。チチュウカイリクガメでは陸ガメαァヘルペスウイルス(TeHV:Testudinid alphaherpesvirus) が有名です〔Origgi et al.2004〕。トカゲのウイルス性口内炎は多くはないですが、パラミクソウイルスや封入体疾患(IBD)が原因になることがあります〔Lloyd et al.1991,Schumacher et al.1990,Jacobson et al.2001〕。なお、トカゲではヘルペスウイルス感染でも口内炎は起こりますが、口腔粘膜の腫瘍発生に関連すると言われています〔Jacobson 2007,Marchang 2011,Wellehan et al.2005〕。
ヘビのウイルス性口内炎はパラミクソウイルス、アデノウイルス、レオウイルス、アレナウイルス、ニドウイルスなどで発生します〔Blahak et al. 2020〕。これらのウイルスが単に爬虫類を日和見細菌に感染しやすくしているのか、それとも口内炎感染を直接引き起こすのかは分かっていません。また、ウイルスの関与は不明ですが、トカゲやカメレオンでは口腔内腫瘍の発生が好発します。
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